Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TP53AIP1-201ENST00000458238 777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ALG1L13P-202ENST00000519320 584 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 UXT-AS1-202ENST00000591832 565 ntTSL 4 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC109460.1-201ENST00000567209 1478 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CTSL-201ENST00000340342 1436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CSF2RA-219ENST00000501036 1622 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ANXA8L1-202ENST00000611655 1398 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SLC1A6-201ENST00000221742 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SH3KBP1-201ENST00000379697 1944 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MAGEA12-201ENST00000357916 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TOMM20L-201ENST00000360945 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 LINC01433-201ENST00000419003 697 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC092265.1-201ENST00000422638 498 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 LINC00686-201ENST00000435412 332 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AL020996.1-201ENST00000442055 435 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 UPK1A-AS1-201ENST00000443196 795 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CCDC18-AS1-219ENST00000451302 1212 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC007319.1-201ENST00000453517 802 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MYL7-209ENST00000458240 791 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 EMP2-203ENST00000536829 781 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 LINC02176-201ENST00000569104 598 ntTSL 4 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 RPS10-207ENST00000621356 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ADD1-204ENST00000398123 2361 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 GJB1-203ENST00000374029 1587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC090502.4-201ENST00000551714 1386 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TCL1A-203ENST00000554012 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 BSDC1-205ENST00000446293 1505 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CCND3-201ENST00000372987 2233 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CRYL1-201ENST00000298248 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 Z99943.1-201ENST00000451545 718 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 RN7SL277P-201ENST00000481521 288 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SNCB-203ENST00000506696 552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CLNS1A-211ENST00000532069 898 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 RTN4RL2-203ENST00000533205 637 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AP000911.2-201ENST00000534330 502 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 DNAJB13-203ENST00000537753 912 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PTGR1-209ENST00000538962 1200 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ATP6V1D-206ENST00000554236 888 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC005041.3-201ENST00000606287 649 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ARMCX6-207ENST00000538627 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AL513327.1-206ENST00000587696 1432 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AP002353.1-201ENST00000528257 1599 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 INTS11-204ENST00000421495 1868 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 LIMS2-209ENST00000410038 1695 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 IL9RP3-201ENST00000442856 1674 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC006504.5-208ENST00000588784 2401 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 BAK1P1-201ENST00000317045 636 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF10C-201ENST00000356864 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 DEFB123-201ENST00000376309 467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 IFI35-203ENST00000415816 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 GAS5-209ENST00000430245 723 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AL354861.1-201ENST00000445213 355 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ZAP70-202ENST00000451498 1085 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 C8orf31-207ENST00000524181 1199 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC069185.1-202ENST00000533405 471 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.9 ms