Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
NCBP3Q53F19 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC30■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC29.99■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC29.97■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 ATP5L2-201ENST00000505920 799 ntAPPRIS P1 BASIC29.96■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC29.95■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
NCBP3Q53F19 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC29.94■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 AC244517.3-201ENST00000616254 1235 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 STK33P1-201ENST00000423835 1218 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC29.89■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
NCBP3Q53F19 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
NCBP3Q53F19 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms