Protein–RNA interactions for Protein: Q15393

SF3B3, Splicing factor 3B subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,217 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B3Q15393 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SF3B3Q15393 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SF3B3Q15393 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SF3B3Q15393 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SF3B3Q15393 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3B3Q15393 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3B3Q15393 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3B3Q15393 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3B3Q15393 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3B3Q15393 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3B3Q15393 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SF3B3Q15393 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SF3B3Q15393 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SF3B3Q15393 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SF3B3Q15393 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms