Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN4AP35499 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
SCN4AP35499 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
SCN4AP35499 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SCN4AP35499 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SCN4AP35499 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
SCN4AP35499 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SCN4AP35499 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SCN4AP35499 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC27.56■■■□□ 2
SCN4AP35499 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
SCN4AP35499 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SCN4AP35499 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SCN4AP35499 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SCN4AP35499 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SCN4AP35499 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC27.56■■■□□ 2
SCN4AP35499 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SCN4AP35499 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SCN4AP35499 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN4AP35499 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
SCN4AP35499 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
SCN4AP35499 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
SCN4AP35499 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SCN4AP35499 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SCN4AP35499 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
SCN4AP35499 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN4AP35499 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN4AP35499 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN4AP35499 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN4AP35499 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
SCN4AP35499 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms