Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD4P09016 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
HOXD4P09016 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC20.69■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD4P09016 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms