Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL4A1P02462 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL4A1P02462 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL4A1P02462 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms