Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 RIC8B-202ENST00000392837 5135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 C21orf58-202ENST00000397679 2900 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PNPLA6-201ENST00000221249 4617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 CLK4-201ENST00000316308 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 ZNF655-201ENST00000252713 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC006504.5-208ENST00000588784 2401 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PDE8A-203ENST00000394553 3912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC136759.1-202ENST00000530858 2194 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC152010.1-201ENST00000415779 2006 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AL031595.1-201ENST00000623969 4709 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 MCRS1-211ENST00000550165 1936 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SLC7A8-212ENST00000529705 1819 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PIGS-203ENST00000395346 2815 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 IRAK4-212ENST00000551736 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PRKY-203ENST00000528056 7218 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 MAN1B1-202ENST00000371589 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 NUP210-201ENST00000254508 7193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 ADAMTS7P1-201ENST00000613213 4793 ntBASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 KIAA0930-203ENST00000391627 2623 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 CD300C-201ENST00000330793 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 MN1-201ENST00000302326 7556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 CAND2-201ENST00000295989 4429 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SEPT7-202ENST00000399034 4399 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 E2F7-202ENST00000416496 5297 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 FOXP3-203ENST00000376207 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 KRT8P14-201ENST00000414254 1442 ntBASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SLC12A5-211ENST00000616933 6166 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 ARFGAP1-203ENST00000370283 3281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 FAM107A-206ENST00000474531 2271 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC104452.1-203ENST00000636166 2266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 FUK-202ENST00000378912 3925 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 TDRD12-202ENST00000444215 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PKN1-202ENST00000342216 2960 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 DMBT1P1-203ENST00000636837 4628 ntBASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PARVB-201ENST00000338758 5429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 COL9A2-202ENST00000372748 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 RPRD1A-202ENST00000399022 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 NEDD4L-238ENST00000635997 4402 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SLC40A1-201ENST00000261024 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 BTNL8-206ENST00000508408 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 ZFAND6-222ENST00000613266 1729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 CFLAR-206ENST00000395148 4415 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 LHX6-207ENST00000541397 2942 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 ZNF84-215ENST00000543758 3501 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 TM4SF19-203ENST00000446879 1582 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 VSIG10L-201ENST00000335624 3397 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 ERLIN2-205ENST00000518586 2623 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 WDR1-203ENST00000382452 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 DCUN1D4-202ENST00000381441 4207 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 NYAP1-201ENST00000300179 3581 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 RGMB-201ENST00000308234 4580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AL139094.1-201ENST00000405549 1188 ntBASIC15.02■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms