Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ACTR2-205ENST00000542850 1429 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CHAT-212ENST00000640822 1412 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FRMD3-202ENST00000328788 964 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FAM24B-202ENST00000368898 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FAM177A1-202ENST00000382406 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PFDN6-204ENST00000395131 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LINC01118-202ENST00000409912 1023 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AL035588.1-201ENST00000438967 408 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FTLP10-202ENST00000505798 471 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TMBIM4-205ENST00000535812 766 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TMBIM4-212ENST00000556010 610 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC106820.3-201ENST00000561653 397 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC063977.3-201ENST00000597569 547 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AL021997.3-201ENST00000621053 557 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC128714.1-201ENST00000637035 887 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ASPH-202ENST00000379449 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 KIAA1468-201ENST00000256858 5579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SORCS2-201ENST00000329016 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MOXD1-202ENST00000367963 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ZCCHC17-207ENST00000616859 1458 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ZCCHC17-208ENST00000618216 1489 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DENND4C-209ENST00000602925 6831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 BMP7-201ENST00000395863 4013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 RBFOX2-201ENST00000262829 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ELOA-204ENST00000613537 4924 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 RAB40AL-201ENST00000218249 1029 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 THOC6-201ENST00000253952 1246 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DUSP13-202ENST00000372700 781 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 OSM-202ENST00000403389 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 LINC01352-201ENST00000431347 962 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DNAJC27-AS1-207ENST00000451291 488 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 RAMP3-202ENST00000481345 559 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC022217.1-201ENST00000521069 738 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC134698.3-201ENST00000523880 214 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AL928654.3-201ENST00000552675 445 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC106738.2-201ENST00000559802 557 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FGFR3P5-201ENST00000564496 886 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 FXYD6-217ENST00000584394 669 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CROCCP3-204ENST00000590118 574 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SPCS2P2-201ENST00000603270 608 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 C20orf141-202ENST00000603872 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PTPN9-206ENST00000618819 7813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 UNC13A-202ENST00000519716 9838 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
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