Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 SLC32A1-201ENST00000217420 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AKR1B1-201ENST00000285930 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 GABRB2-205ENST00000517901 1779 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 FDPSP7-201ENST00000429043 1054 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 MUSTN1-202ENST00000486659 622 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AC008443.1-202ENST00000506340 687 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AC090152.1-203ENST00000517898 1106 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 ZNF737-204ENST00000596797 569 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 DUSP22-213ENST00000605035 1231 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.75-201ENST00000614439 293 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AC020904.3-201ENST00000624199 442 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AL121956.4-201ENST00000629925 581 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AC007491.1-201ENST00000637560 1306 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 GOT2-202ENST00000434819 1615 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 NIPAL3-202ENST00000339255 1676 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 UQCC2-201ENST00000374214 432 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 HIST1H2APS2-201ENST00000454426 370 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 FAM60A-207ENST00000542983 738 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AC142086.5-202ENST00000562500 217 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 ZNF671-203ENST00000596939 977 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 ANKRD36C-208ENST00000619511 737 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AC009093.10-201ENST00000641956 1442 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 JPT1-202ENST00000356033 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 PHACTR1-203ENST00000379335 943 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 TPRKB-203ENST00000409716 816 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 ID2-AS1-201ENST00000412712 953 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AC018814.1-201ENST00000418972 357 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 CDCA4P4-201ENST00000435216 680 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AC025186.1-201ENST00000478174 870 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 BID-209ENST00000551952 700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 NACA-221ENST00000552540 1074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 KRT17P4-203ENST00000579355 621 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AL353997.6-201ENST00000583394 621 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 AL353622.2-201ENST00000605846 425 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 PNPT1-207ENST00000625249 216 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 DHRS7-209ENST00000557185 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 ASGR1-209ENST00000619926 1384 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 UBE2L5P-202ENST00000635918 1513 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 TMEM9-203ENST00000367333 1564 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CHD9Q3L8U1 NHP2P1-201ENST00000335274 462 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 RPL14-203ENST00000416518 812 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 IGKV1OR-2-201ENST00000457995 350 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SCARNA12-201ENST00000459155 270 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC009163.5-202ENST00000571737 466 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 FAAP24-203ENST00000589646 836 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 BX322534.1-201ENST00000635574 241 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC215524.1-201ENST00000635696 241 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 BIN3-202ENST00000399977 1340 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 C1orf87-202ENST00000450089 1307 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CNMD-203ENST00000448904 1444 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 LINC02076-201ENST00000577684 1871 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 NBPF3-205ENST00000454000 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC117503.4-201ENST00000623229 1418 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 COPS7B-204ENST00000409091 806 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 AC093609.1-201ENST00000434020 952 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 ALG1L7P-201ENST00000502317 768 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 C11orf97-201ENST00000542198 701 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 KLKP1-202ENST00000597246 1125 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 RABL2B-202ENST00000395590 2380 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 GSTCD-206ENST00000507281 2091 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 RARG-202ENST00000394426 2640 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 HTR3E-203ENST00000425359 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CHD9Q3L8U1 IFNLR1-204ENST00000374419 953 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
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