Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PLA2G4B-202ENST00000458483 2734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AL354702.1-201ENST00000442006 1960 ntBASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 BLOC1S6-212ENST00000566753 1996 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 GSTCD-206ENST00000507281 2091 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PPRC1-203ENST00000413464 4580 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ZNF570-201ENST00000330173 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 C10orf71-201ENST00000374144 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ADD1-204ENST00000398123 2361 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ZNF365-207ENST00000410046 3379 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 MINPP1-202ENST00000371996 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ENDOU-203ENST00000545824 1513 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PLAU-202ENST00000446342 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 FAM198B-201ENST00000296530 4985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 SEZ6L-202ENST00000343706 2898 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 NFS1-203ENST00000374092 3012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 FAM98B-202ENST00000397609 4388 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ERC1-219ENST00000546231 4390 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 TSFM-207ENST00000540550 1935 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 NELFA-202ENST00000382882 3343 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 BLCAP-205ENST00000397137 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 KIAA0895L-202ENST00000561621 3500 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 OPN4-202ENST00000372071 2401 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 COQ7-209ENST00000569127 2575 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CCDC88A-201ENST00000263630 9667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 KIAA1683-209ENST00000612316 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CLCN1-201ENST00000343257 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 RADIL-201ENST00000399583 3689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC022447.6-201ENST00000515522 438 ntBASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 KLHL21-201ENST00000377658 4487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 LRRC34-208ENST00000522830 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 B3GAT1-203ENST00000524765 5737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PRDM10-204ENST00000423662 5998 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 TNIP1-214ENST00000522226 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 PNPLA5-201ENST00000216177 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 TMCC2-202ENST00000330675 2780 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 TMCO3-207ENST00000474393 2843 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 LRRC41-201ENST00000343304 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 NRG2-209ENST00000541337 3723 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SOCS2-205ENST00000548537 3733 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 CNTNAP3P2-201ENST00000617175 3861 ntBASIC15.05■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AGRN-210ENST00000620552 7394 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 TRIM13-202ENST00000378182 7249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 TBC1D1-214ENST00000508802 4119 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 OSBPL5-203ENST00000389989 3619 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 LTBP3-221ENST00000532932 3327 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 GGA1-206ENST00000406772 3205 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC108134.1-201ENST00000382225 3061 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 RP1L1-202ENST00000382483 7973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SLC35E2-202ENST00000355439 2078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AL589740.1-203ENST00000433637 1984 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 POM121-201ENST00000358357 5320 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 HCG27-201ENST00000383331 1720 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 ABCB8-212ENST00000477719 1625 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC006262.1-203ENST00000598170 1634 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC15.04■□□□□ -0
VPS39Q96JC1 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms