Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MYRF-203ENST00000389602 2052 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 POLR3K-201ENST00000293860 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 LEMD1-205ENST00000367154 786 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 OPN1MW2-201ENST00000369929 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 SURF4-203ENST00000371991 715 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 FOXP4-AS1-202ENST00000432751 409 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 TREHP1-201ENST00000531328 465 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ACTN1-AS1-202ENST00000553961 599 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 HTR4-213ENST00000631296 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 RBFOX3-203ENST00000580155 1519 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 OR3A2-205ENST00000641164 2033 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 L2HGDH-201ENST00000261699 1377 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 AC082651.3-201ENST00000474667 1947 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 MYH16-204ENST00000452010 1599 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AL365436.2-201ENST00000434112 526 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC108474.1-201ENST00000507776 421 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TRPC7-AS1-201ENST00000514459 460 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AL365275.1-201ENST00000518570 471 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC013553.1-201ENST00000560906 267 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC006483.2-201ENST00000609813 515 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 MAEL-202ENST00000367872 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 GMPR2-204ENST00000420554 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 GMPR2-223ENST00000559836 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 MLF1-217ENST00000619577 2290 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TMEM9-202ENST00000367332 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CBX3-201ENST00000337620 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CSAG1-203ENST00000370291 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 BAX-205ENST00000391871 687 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CCL24-202ENST00000416943 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 SNX3-204ENST00000426155 1072 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 RLN3-201ENST00000431365 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC011383.1-201ENST00000517474 617 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 FAM86B3P-203ENST00000523992 854 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 RPS5-204ENST00000598098 536 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 BABAM2-204ENST00000379624 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CEP250-201ENST00000397524 1419 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CTSS-202ENST00000448301 1421 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 EMP1-211ENST00000544053 1436 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TSPAN3-205ENST00000558745 1340 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TRBV4-1-201ENST00000390357 373 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TRBV4-2-201ENST00000390392 455 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 FOLR1-202ENST00000393676 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AL391839.2-201ENST00000412085 383 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AL161932.2-201ENST00000435436 679 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AL592301.1-201ENST00000439501 864 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC006529.1-201ENST00000459978 637 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 RPS23-207ENST00000511844 530 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 PROX1-AS1-235ENST00000628896 711 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CUX1P39880 PPM1L-201ENST00000295839 1449 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TPM4-202ENST00000344824 1417 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TRIM3-215ENST00000639856 2137 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TAF9-202ENST00000328663 1461 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 SNRPC-201ENST00000244520 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 ZNRD1-203ENST00000376782 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AL354892.2-201ENST00000413088 403 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC026470.1-201ENST00000478038 846 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC009487.3-201ENST00000505579 560 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC010632.2-201ENST00000588369 1224 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AP001527.2-201ENST00000614441 631 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms