Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AL136379.1-201ENST00000623471 2642 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CALCOCO2-211ENST00000508679 1396 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CCP110-201ENST00000381396 5446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 BEX5-201ENST00000333643 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 HIST1H2AD-201ENST00000341023 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AGER-203ENST00000375065 665 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC090502.1-202ENST00000515416 966 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 GTF2H2-204ENST00000517900 659 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 NDUFC1-210ENST00000539387 725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 LRRC37A6P-204ENST00000575554 573 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ZNF180-202ENST00000391956 3049 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MFRP-205ENST00000619721 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AK4-202ENST00000395334 6998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PLXDC1-201ENST00000315392 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 GRIN3A-201ENST00000361820 7770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ARMC8-220ENST00000489213 1714 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC099063.4-201ENST00000641099 1602 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 HGNC:24955-201ENST00000303177 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 RBM8A-201ENST00000369307 796 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MIR663B-201ENST00000408361 115 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AL450003.2-201ENST00000450445 428 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 KRT8P13-201ENST00000463294 1010 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 OARD1-212ENST00000482515 832 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 SDK1-210ENST00000615806 10258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MAP3K1-201ENST00000399503 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms