Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC16.33■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TOMM22-201ENST00000216034 2040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 GCNT7-201ENST00000243913 2064 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 FERD3L-201ENST00000275461 640 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 BGLAP-201ENST00000368272 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TRBJ2-6-201ENST00000390418 53 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 PUS10-202ENST00000398658 1227 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AQP7P5-201ENST00000428759 1049 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CSTF3-202ENST00000431742 715 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AQP7P4-201ENST00000447083 1042 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 C17orf58-202ENST00000449250 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AQP7P2-201ENST00000453967 1041 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC093627.2-201ENST00000497017 568 ntTSL 4 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC069185.1-202ENST00000533405 471 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 NAA40-206ENST00000542163 1035 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 HIST2H2BF-204ENST00000545683 999 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ATP2A1-AS1-201ENST00000561547 558 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TMIGD2-204ENST00000600349 333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 DGAT2L7P-201ENST00000602462 744 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AQP7P3-201ENST00000624547 1041 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SCP2-217ENST00000640998 1101 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC079325.2-202ENST00000641031 462 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 RELL1-201ENST00000314117 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 FBXO16-202ENST00000380254 1343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ANXA8L1-202ENST00000611655 1398 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CGGBP1-201ENST00000309534 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 OBSCN-AS1-201ENST00000295012 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 FMC1-201ENST00000297534 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 IL3RA-201ENST00000331035 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TNNT2-203ENST00000367315 1083 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 PRTFDC1-202ENST00000376376 741 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 DDX39AP1-201ENST00000445147 1181 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 FAM86KP-201ENST00000509817 987 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TMEM126A-203ENST00000528105 656 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CD59-210ENST00000528700 652 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 RTN4RL2-203ENST00000533205 637 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 JMJD8-203ENST00000562824 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC020659.1-202ENST00000564432 531 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 MARK2P16-201ENST00000605714 1723 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC242426.4-201ENST00000606856 573 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CD48-203ENST00000613788 1500 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC018695.6-201ENST00000614011 534 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 METTL7B-202ENST00000614691 1368 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 MEIKIN-205ENST00000616644 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 HTR4-213ENST00000631296 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms