Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 LRTM1-201ENST00000273286 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 TMEM95-201ENST00000330767 1169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 HNRNPA1P27-201ENST00000412087 955 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CCL24-202ENST00000416943 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC018638.5-201ENST00000450885 754 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RNA5SP406-201ENST00000516106 112 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC012213.1-201ENST00000517376 722 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC115837.2-201ENST00000522127 677 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AP000866.5-201ENST00000531241 445 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 TGFB3-204ENST00000556285 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 KRT8P1-201ENST00000557533 1207 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ARPP19-206ENST00000564163 718 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 APOC4-202ENST00000592954 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AL133445.2-201ENST00000611191 527 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 TTC28-AS1_3.1-201ENST00000615579 181 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 BLACE-202ENST00000616210 540 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RPL13A-213ENST00000621674 1098 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 Metazoa_SRP.91-201ENST00000622745 281 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 PHB-210ENST00000511832 1509 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CD74-202ENST00000353334 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SALL4P5-201ENST00000419001 1760 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 STAG1-206ENST00000480733 1304 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ZNF614-202ENST00000356322 1293 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 TRAPPC3-201ENST00000373159 590 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CST1-202ENST00000398402 655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 GSTT2B-202ENST00000404172 819 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AF274858.1-201ENST00000406288 372 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 IGLV9-49-201ENST00000427632 409 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AL157832.2-206ENST00000428178 601 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 OR2R1P-201ENST00000441404 914 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RPL9-203ENST00000449470 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC106047.2-201ENST00000511723 743 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 EVX1-AS-203ENST00000519218 554 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC079949.1-201ENST00000541419 505 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 DUXAP9-201ENST00000547220 665 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC003686.1-201ENST00000550956 1034 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC068831.5-201ENST00000557387 328 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ELP5-212ENST00000574255 671 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 MBP-238ENST00000580402 915 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC107308.1-201ENST00000615897 301 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 MALAT1-217ENST00000620902 352 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SNRPA1-216ENST00000626000 539 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SCP2-217ENST00000640998 1101 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CD1E-206ENST00000368161 1689 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 AC055854.1-203ENST00000521141 1630 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 CTSV-201ENST00000259470 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 SPAAR-203ENST00000636776 1538 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 AC025183.3-201ENST00000623526 1482 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HLA-CQ95604 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms