Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ANAPC15-208ENST00000538393 867 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AL008638.5-201ENST00000623814 1298 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CDC42EP4-202ENST00000439510 2879 ntTSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GATA3-202ENST00000379328 3078 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PRKD2-206ENST00000595515 3012 ntTSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ATG4B-206ENST00000405546 3294 ntTSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AMPD3-203ENST00000396554 3806 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MPP1-204ENST00000393531 1389 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CCNDBP1-201ENST00000300213 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SLC25A26-201ENST00000336733 1023 ntTSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 EIF4HP1-201ENST00000453115 687 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AHRR-211ENST00000515206 462 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SCARNA20.5-201ENST00000516991 142 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC106820.3-201ENST00000561653 397 ntBASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ADAMTS5-201ENST00000284987 9056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RSPO1-204ENST00000615459 2331 ntTSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 EXOC6B-209ENST00000634650 2583 ntTSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.98□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 FECH-202ENST00000382873 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MSH5-203ENST00000375750 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GRK6-203ENST00000393576 2792 ntTSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CLDND1-215ENST00000507874 1380 ntTSL 3 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AP003392.4-202ENST00000526453 1359 ntTSL 2 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CSAD-202ENST00000379843 2086 ntTSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TERT-201ENST00000310581 4018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SPIN2A-201ENST00000374906 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MFRP-205ENST00000619721 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GGCT-203ENST00000409144 836 ntTSL 2 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AL021707.3-201ENST00000418803 527 ntTSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC253536.4-201ENST00000440539 267 ntBASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC104241.2-201ENST00000532748 789 ntTSL 3 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GGCT-201ENST00000005374 1032 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC243967.2-201ENST00000601409 567 ntTSL 4 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SPCS2P2-201ENST00000603270 608 ntBASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 DAB2IP-205ENST00000408936 6784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 HOXA3-201ENST00000317201 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CA10-201ENST00000285273 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RHD-206ENST00000423810 1637 ntTSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.33
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