Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 LSM5-207ENST00000410044 687 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC099552.2-201ENST00000418523 456 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FNTAP2-201ENST00000430308 634 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LINC01762-204ENST00000434879 436 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 POM121L10P-201ENST00000436994 1285 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ZNF789-204ENST00000448667 1055 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 HSPB1P2-201ENST00000448722 546 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC022616.1-201ENST00000518688 554 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TPO-215ENST00000539820 1157 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC011495.3-201ENST00000596472 427 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC138028.6-201ENST00000616106 1482 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TLL1-201ENST00000061240 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 KCP-203ENST00000610776 5108 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DDX21-202ENST00000620315 4829 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 RREB1-202ENST00000349384 7440 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC018735.1-201ENST00000437208 1502 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CAPN7-201ENST00000253693 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AL138767.1-201ENST00000354527 744 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 BLCAP-204ENST00000397135 685 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TISP43-201ENST00000409793 538 ntTSL 4 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TMEM107-203ENST00000431792 455 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 NEU3-202ENST00000526068 431 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AL163636.1-201ENST00000554286 915 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
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CCDC3Q9BQI4 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
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CCDC3Q9BQI4 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
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CCDC3Q9BQI4 RNF8-202ENST00000373479 5631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CDH23-201ENST00000224721 11139 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CDH23-214ENST00000622827 11122 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MPP1-204ENST00000393531 1389 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PCDHA11-201ENST00000398640 6115 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CRK-201ENST00000300574 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PCMTD2-207ENST00000609372 1321 ntTSL 4 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
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