Protein–RNA interactions for Protein: Q13077

TRAF1, TNF receptor-associated factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 416 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAF1Q13077 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 HIPK4-201ENST00000291823 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 PPL-205ENST00000590782 5845 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 SEPT8-206ENST00000378706 4168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 DDHD2-205ENST00000520272 4532 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 OCEL1-201ENST00000215061 1133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 LINC01694-201ENST00000424569 821 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 AC012568.1-201ENST00000558463 472 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 THAP4-206ENST00000612200 969 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 C11orf16-202ENST00000525780 1685 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 SALL4P5-201ENST00000419001 1760 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 SORCS2-201ENST00000329016 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 CAMK2B-206ENST00000353625 1624 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 DIXDC1-201ENST00000440460 5897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 ZNF30-202ENST00000439785 2651 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 RPS3-201ENST00000278572 907 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 WDR54-201ENST00000348227 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 AP003171.2-201ENST00000528208 925 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 AC011447.3-204ENST00000585498 883 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 MLLT10-216ENST00000621220 381 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 FP565260.5-201ENST00000623188 479 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 MEF2D-201ENST00000348159 5965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 CNGB1-201ENST00000251102 5641 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TRAF1Q13077 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
TRAF1Q13077 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TRAF1Q13077 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TRAF1Q13077 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TRAF1Q13077 MAU2-201ENST00000262815 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TRAF1Q13077 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TRAF1Q13077 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TRAF1Q13077 OTUD6A-201ENST00000338352 1689 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TRAF1Q13077 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TRAF1Q13077 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TRAF1Q13077 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms