Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CCDC88A-204ENST00000413716 9586 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZNF618-207ENST00000615615 9289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 GLIS2-201ENST00000262366 4469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 C4A-259ENST00000498271 5269 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 HAP1-204ENST00000393939 5683 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 C3orf22-201ENST00000318225 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PRDX5-203ENST00000352435 596 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RAB4B-201ENST00000357052 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 NDUFC1-201ENST00000394223 598 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CRYAA-203ENST00000398133 600 ntTSL 3 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 APOPT1-207ENST00000477116 906 ntTSL 3 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC080188.2-201ENST00000508985 552 ntTSL 4 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SELENOW-201ENST00000509570 881 ntTSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZNF767P-206ENST00000513792 565 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 IL32-222ENST00000533097 814 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL133523.1-201ENST00000554537 331 ntTSL 3 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LINC02205-201ENST00000559752 239 ntTSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 HIRIP3-204ENST00000564026 988 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC025279.2-201ENST00000569730 653 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL022328.3-201ENST00000607943 679 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FP236240.1-202ENST00000624019 601 ntTSL 3 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL139099.5-201ENST00000635274 300 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 UBTF-201ENST00000302904 4997 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 WASHC2A-202ENST00000314664 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ACTN2-206ENST00000542672 4906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ADCY6-201ENST00000307885 6464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 GTF2A1L-203ENST00000430487 1575 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SPATA6-204ENST00000396199 4964 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TMEM63C-201ENST00000298351 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MROH1-209ENST00000534366 5092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TSC2-203ENST00000382538 5264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DEF8-210ENST00000563594 4450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AFF3-201ENST00000317233 8135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL359258.3-201ENST00000622910 2331 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL360270.3-201ENST00000609118 1348 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.7 ms