Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC007319.1-202ENST00000412276 829 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CAPN5-202ENST00000456580 2805 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PRKD2-201ENST00000291281 3070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ENDOU-203ENST00000545824 1513 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FAM149A-202ENST00000356371 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC023632.2-201ENST00000523011 1789 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CDC42EP4-202ENST00000439510 2879 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GGT6-201ENST00000301395 2534 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ABCB8-212ENST00000477719 1625 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 DEF8-210ENST00000563594 4450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TMEM230-202ENST00000342308 1562 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC140479.7-201ENST00000636301 2332 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SLC26A11-203ENST00000546047 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC073130.2-202ENST00000444244 842 ntTSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC010641.1-201ENST00000591757 529 ntTSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 KIF21A-202ENST00000361961 6601 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SYBU-206ENST00000424158 3007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FARP1-214ENST00000595437 4926 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 LYSMD4-204ENST00000409796 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RABIF-201ENST00000367262 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PTPN5-204ENST00000396170 3871 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ESRRB-207ENST00000556177 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FAM118B-210ENST00000627851 1862 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC11.67□□□□□ -0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms