Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMCH1Q9UPQ0 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.92
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC27■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC27■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIMCH1Q9UPQ0 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms