Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.91
EXOSC4Q9NPD3 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC20.69■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC20.65■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
EXOSC4Q9NPD3 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms