Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP53Q70EK8 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
USP53Q70EK8 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms