Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SP140Q13342 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SP140Q13342 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SP140Q13342 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SP140Q13342 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SP140Q13342 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SP140Q13342 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SP140Q13342 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SP140Q13342 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SP140Q13342 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SP140Q13342 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SP140Q13342 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SP140Q13342 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SP140Q13342 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SP140Q13342 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SP140Q13342 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SP140Q13342 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SP140Q13342 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SP140Q13342 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SP140Q13342 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SP140Q13342 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SP140Q13342 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SP140Q13342 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SP140Q13342 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SP140Q13342 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SP140Q13342 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SP140Q13342 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SP140Q13342 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SP140Q13342 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SP140Q13342 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SP140Q13342 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SP140Q13342 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SP140Q13342 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SP140Q13342 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SP140Q13342 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SP140Q13342 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SP140Q13342 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SP140Q13342 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SP140Q13342 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SP140Q13342 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SP140Q13342 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SP140Q13342 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SP140Q13342 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SP140Q13342 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SP140Q13342 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SP140Q13342 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SP140Q13342 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SP140Q13342 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SP140Q13342 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SP140Q13342 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SP140Q13342 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SP140Q13342 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SP140Q13342 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SP140Q13342 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SP140Q13342 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SP140Q13342 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SP140Q13342 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SP140Q13342 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SP140Q13342 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SP140Q13342 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SP140Q13342 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SP140Q13342 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SP140Q13342 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SP140Q13342 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SP140Q13342 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SP140Q13342 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SP140Q13342 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SP140Q13342 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SP140Q13342 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SP140Q13342 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SP140Q13342 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SP140Q13342 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SP140Q13342 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SP140Q13342 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms