Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms