Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC41-201ENST00000343304 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 RHD-206ENST00000423810 1637 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CRYAA-203ENST00000398133 600 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AL139094.1-201ENST00000405549 1188 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 FP236240.1-202ENST00000624019 601 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF28-202ENST00000296799 4424 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 TM4SF19-203ENST00000446879 1582 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 VILL-202ENST00000383759 2787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 RADIL-201ENST00000399583 3689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 IARS2-201ENST00000366922 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 IL21R-AS1-201ENST00000563191 2615 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 FGD5-AS1-202ENST00000424349 3792 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 BLCAP-205ENST00000397137 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 BTNL8-206ENST00000508408 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PHF14-215ENST00000634607 3407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 BLOC1S6-212ENST00000566753 1996 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 FAM210A-202ENST00000402563 4240 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CDCA7-202ENST00000347703 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 TDRD5-204ENST00000444136 3946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 IRAK4-212ENST00000551736 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AKAP2-203ENST00000434623 4400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 MCRS1-211ENST00000550165 1936 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 OPN4-202ENST00000372071 2401 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT8-206ENST00000378706 4168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF365-207ENST00000410046 3379 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PSD-209ENST00000611678 3382 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35E2-202ENST00000355439 2078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD10-208ENST00000540089 3096 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF74-209ENST00000611540 3714 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 TNIP1-214ENST00000522226 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 DPY19L2P2-201ENST00000312132 4078 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CEP131-203ENST00000450824 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CAMK2B-206ENST00000353625 1624 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC006262.1-203ENST00000598170 1634 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PLA2G4B-202ENST00000458483 2734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf107-201ENST00000381365 3199 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PUS1-202ENST00000376649 4094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 KCND3-201ENST00000302127 2659 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PLAU-202ENST00000446342 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHA4-201ENST00000263265 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC136759.1-202ENST00000530858 2194 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 FECH-201ENST00000262093 3853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CACTIN-203ENST00000429344 3612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.5 ms