Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 VCAN-211ENST00000513984 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SLC41A3-211ENST00000508835 1480 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ENO3-202ENST00000518175 1448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 TMSB10-201ENST00000233143 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 NR0B2-201ENST00000254227 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC239868.1-201ENST00000369385 493 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 GAS5-209ENST00000430245 723 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC103808.5-201ENST00000577797 462 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ACP7-202ENST00000594229 1149 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 HPN-206ENST00000597419 1212 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 HIST2H2BB-202ENST00000609585 563 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PDYN-AS1-201ENST00000446562 1802 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ZNF691-206ENST00000372508 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 FOSB-213ENST00000615753 1468 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 RPS16-202ENST00000339471 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ALKBH2-201ENST00000343075 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AL590617.2-201ENST00000432673 917 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SMIM23-202ENST00000523047 573 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AL845331.2-201ENST00000561882 1044 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SRSF3-208ENST00000620941 869 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SDHAF2-201ENST00000301761 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 CDK5RAP3-201ENST00000338399 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ASCC2-201ENST00000307790 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PIGC-201ENST00000344529 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 OR6A2-201ENST00000332601 1373 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AL009181.1-201ENST00000418471 1085 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PRKRA-211ENST00000487082 1211 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC141586.1-203ENST00000567242 366 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 MIR3188-201ENST00000583494 85 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 IRF3-215ENST00000596822 823 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 NDUFB5-216ENST00000611971 951 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ADH5-213ENST00000626055 1299 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 LRIF1-202ENST00000485275 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 CCDC47-201ENST00000225726 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 GK-204ENST00000378945 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ALAS2-201ENST00000330807 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ZDHHC4-204ENST00000396709 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 MYL3-202ENST00000395869 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 RPL3-202ENST00000401609 1289 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 CHID1-202ENST00000429789 1289 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 TAPBP-241ENST00000489157 1299 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC093627.5-203ENST00000497320 746 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 MIR3677-201ENST00000578964 60 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC103691.2-201ENST00000618824 433 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC006453.1-201ENST00000636037 1257 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 FXYD6-201ENST00000260282 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 TRIM3-215ENST00000639856 2137 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 INHBE-201ENST00000266646 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SLC1A6-201ENST00000221742 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SHOX-202ENST00000381575 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ATP6V0E2-207ENST00000479613 1666 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AHCYP4-201ENST00000419201 1315 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 HVCN1-202ENST00000356742 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 STRA6-205ENST00000432245 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 JTB-202ENST00000356648 1040 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 RNA5SP359-201ENST00000364838 113 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 BX284668.5-201ENST00000422124 406 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 NDUFS6P1-201ENST00000485187 316 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 RTN3P1-201ENST00000536295 711 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
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