Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AC023632.2-201ENST00000523011 1789 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 MAP2K3-202ENST00000342679 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 TAF8-202ENST00000372978 794 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 ELK2AP-201ENST00000392510 1007 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 PARVG-202ENST00000415224 999 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 PDIA3P2-201ENST00000428073 158 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 UBA6-202ENST00000420827 1664 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 TMBIM7P-202ENST00000641474 1516 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
TRIM28Q13263 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 FAM45A-201ENST00000361432 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 CHIA-204ENST00000369740 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 MYADM-202ENST00000391768 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 IL1RAP-209ENST00000422940 1957 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 AL024498.2-201ENST00000480294 1589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ABHD4-201ENST00000216327 716 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 OR1J1-201ENST00000259357 969 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ALG1L-201ENST00000340333 805 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 HLA-DQB2-229ENST00000411527 1059 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 HNRNPA1P27-201ENST00000412087 955 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 DMAC2-203ENST00000417807 1065 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 AL353637.1-201ENST00000451571 732 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 AC011773.1-201ENST00000520129 468 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 AC134698.3-201ENST00000523880 214 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 IFITM3-202ENST00000526811 543 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 TP53AIP1-204ENST00000530777 363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 JMJD8-203ENST00000562824 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 COG4-212ENST00000564653 590 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 HDDC2-204ENST00000608295 879 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ALG1L-202ENST00000611639 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 AC133540.1-201ENST00000620845 1019 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 NAP1L6-202ENST00000641404 1222 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 BCAS4-201ENST00000358791 1378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 SH3KBP1-201ENST00000379697 1944 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 EPS15L1-207ENST00000594975 2489 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 HSD17B6-207ENST00000555805 1722 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 THOC6-201ENST00000253952 1246 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 C6orf52-201ENST00000259983 619 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 CELA3B-201ENST00000337107 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 AC239868.1-201ENST00000369385 493 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 C6orf136-202ENST00000376471 614 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 APRT-201ENST00000378364 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 ATP6V1E1-202ENST00000399796 1208 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 XBP1P1-201ENST00000436573 652 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 SHANK2-210ENST00000449116 939 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 LY6G6C-202ENST00000495859 937 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
TRIM28Q13263 Z84485.1-202ENST00000499560 1230 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
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