Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 OSBPL7-211ENST00000613735 2836 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
LIG1P18858 UBE2D1-201ENST00000373910 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
LIG1P18858 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
LIG1P18858 TAB1-201ENST00000216160 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
LIG1P18858 TMEM117-207ENST00000551577 2643 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
LIG1P18858 METTL13-202ENST00000362019 3022 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 UBE2G2-202ENST00000345496 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 TRIM46-202ENST00000368382 3127 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ANKRD13B-201ENST00000394859 3214 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ACE-201ENST00000290863 2479 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 DMTN-201ENST00000265800 2554 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 DMTN-207ENST00000517305 2551 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 COL6A2-201ENST00000300527 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 MINPP1-202ENST00000371996 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 USP38-202ENST00000510377 4135 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 RDX-218ENST00000544551 4117 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CTXND1-201ENST00000560778 6890 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ZNF7-203ENST00000525266 1874 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 DYSF-201ENST00000258104 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 DYSF-204ENST00000409582 6790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 DYSF-210ENST00000413539 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 FYTTD1-201ENST00000241502 6866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 NBEA-203ENST00000379939 10738 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CTTN-202ENST00000346329 3272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ZNF133-203ENST00000377671 2701 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 MINK1-201ENST00000347992 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ALDH4A1-206ENST00000538839 2957 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 SEMA3F-202ENST00000413852 3212 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AC136759.1-202ENST00000530858 2194 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 IRAK4-212ENST00000551736 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 IRAK1-203ENST00000369980 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 PRMT7-202ENST00000441236 2204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 RSPH9-202ENST00000372165 2586 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AL591623.1-201ENST00000417786 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ZNF576-203ENST00000525771 2327 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ZFP30-201ENST00000351218 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 BAIAP2-220ENST00000575712 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 NFATC1-218ENST00000592223 2531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CCNDBP1-201ENST00000300213 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
LIG1P18858 FAM122A-201ENST00000394264 4575 ntAPPRIS P1 BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 HOXC11-202ENST00000546378 3261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 C1R-201ENST00000535233 2211 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CLASP2-204ENST00000399362 7282 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 PDE4A-203ENST00000380702 4781 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 NDUFC2-201ENST00000281031 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.5 ms