Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 RHD-204ENST00000417538 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 ZFP90-209ENST00000570495 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 OR2I1P-210ENST00000642037 4691 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 RTEL1-205ENST00000370018 4955 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 NEU2-201ENST00000233840 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 PQBP1-202ENST00000247140 664 ntTSL 3 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 PQBP1-203ENST00000376563 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 PQBP1-204ENST00000376566 760 ntTSL 3 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 PQBP1-205ENST00000396763 965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AL162742.1-201ENST00000434792 954 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 PQBP1-207ENST00000447146 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC244452.3-201ENST00000636814 210 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 FXYD3-202ENST00000346446 1320 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 HARS-202ENST00000415192 1401 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 LARGE1-201ENST00000354992 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 BAG4-201ENST00000287322 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 STAMBPL1-204ENST00000371927 4184 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 RAB18-207ENST00000535776 4811 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 HELZ2-204ENST00000467148 8064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 CSRNP2-201ENST00000228515 4471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 SCUBE1-202ENST00000360835 9808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 HECW1-203ENST00000453890 5169 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 EIF4G3-204ENST00000374935 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 ARMCX4-202ENST00000423738 7424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 TEX13B-201ENST00000302917 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 TRIM25-201ENST00000316881 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 CIDEC-201ENST00000336832 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-202ENST00000357385 881 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-53-201ENST00000390627 571 ntAPPRIS P1 BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 GPR17-202ENST00000393018 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 CIDEC-203ENST00000423850 1036 ntTSL 2 BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 CALR4P-201ENST00000431943 946 ntBASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AL160290.2-201ENST00000448347 831 ntTSL 3 BASIC14.79□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC006003.1-201ENST00000448541 613 ntTSL 4 BASIC14.79□□□□□ -0.04
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