Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 SYCP2L-201ENST00000283141 3130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PPP6R2-204ENST00000395744 3293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PRAMEF25-202ENST00000619661 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 RSBN1-204ENST00000612242 6592 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ZNF783-202ENST00000434415 4452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 HDAC9-208ENST00000417496 2524 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 SLC22A12-202ENST00000377567 2599 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 TBC1D8B-203ENST00000357242 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC068888.1-207ENST00000546793 2863 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 GORASP1-201ENST00000319283 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 PAPSS2-202ENST00000456849 3856 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 THBD-201ENST00000377103 4109 ntAPPRIS P1 BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 POLG-201ENST00000268124 4500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 C4B-201ENST00000425700 5237 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC112Q8NEF3 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 DYDC2-204ENST00000372199 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 XG-201ENST00000381174 2315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 DLGAP1-204ENST00000400149 5203 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP27-203ENST00000428638 4242 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ZNF717-204ENST00000478296 3875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 RAP1GAP-211ENST00000495204 2489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SHROOM1-208ENST00000617339 3638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 GAD2-203ENST00000376261 5858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 DNM1-212ENST00000627543 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MAPK14-202ENST00000229795 4319 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 RASGEF1A-202ENST00000374459 3264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ASPH-214ENST00000519234 2874 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TMEM200A-204ENST00000617887 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AKAP12-204ENST00000402676 8432 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CDCA7-202ENST00000347703 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PLIN4-202ENST00000633942 6484 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 KIAA0513-207ENST00000567328 1873 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 FBXO34-201ENST00000313833 3464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC109583.3-201ENST00000641183 3128 ntAPPRIS P1 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CDC25B-205ENST00000439880 3096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CARHSP1-220ENST00000619881 2849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TBC1D24-205ENST00000567020 6673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 GRIN1-203ENST00000371550 3940 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 GRK6-211ENST00000528793 2571 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MCM9-202ENST00000316316 5101 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 NRIP3-201ENST00000309166 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 LSS-211ENST00000522411 2523 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 KBTBD12-202ENST00000405109 5727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MMAB-210ENST00000545712 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 HOGA1-203ENST00000370647 1999 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 LMX1B-202ENST00000373474 5797 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CLASRP-204ENST00000544944 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CLK4-201ENST00000316308 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ZNF618-207ENST00000615615 9289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PML-203ENST00000354026 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 OSBPL5-202ENST00000348039 2798 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 APC2-201ENST00000233607 10151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SETD1B-203ENST00000604567 5969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 KIAA0319-204ENST00000537886 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CHFR-205ENST00000450056 3250 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 JADE2-203ENST00000395003 6465 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 EDEM2-202ENST00000374492 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms