Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 E2F7-202ENST00000416496 5297 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 TNPO2-202ENST00000425528 5122 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 FFAR4-202ENST00000371483 3653 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 SREBF1-205ENST00000395757 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 GPR88-201ENST00000315033 3491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 CASC2-202ENST00000426021 3232 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 C15orf41-208ENST00000566621 2866 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AC130686.1-201ENST00000622936 2466 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 FES-202ENST00000394300 2302 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 CDK20-202ENST00000336654 2176 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 CDCA3-207ENST00000538862 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 C1orf43-206ENST00000368521 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 MAP3K4-204ENST00000392142 5490 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 HIPK3-203ENST00000456517 7399 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 ACP7-201ENST00000331256 2966 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 KIF1A-201ENST00000320389 8832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 KIAA0319-204ENST00000537886 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 SLC35C2-201ENST00000243896 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 SMG9-211ENST00000601170 2387 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 TNFAIP8L1-201ENST00000327473 3814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 TNFAIP8L1-202ENST00000536716 3845 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 TNFAIP8L3-201ENST00000327536 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 ATCAY-201ENST00000450849 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 LILRB5-203ENST00000449561 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 GNAO1-214ENST00000638705 3529 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 PCMTD2-204ENST00000369758 3212 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 PAWR-201ENST00000328827 9129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 C1QTNF1-204ENST00000392445 2833 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AC118758.2-201ENST00000614242 2813 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 TMPRSS3-203ENST00000398405 2754 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 ZNF783-202ENST00000434415 4452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 ANKMY1-206ENST00000401804 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 KIAA0319-203ENST00000535378 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AL512306.2-201ENST00000444037 2219 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 GPT2-201ENST00000340124 3984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 CATSPERE-201ENST00000366531 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 RCAN3-207ENST00000538532 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 KNDC1-201ENST00000304613 6793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 LIG1-203ENST00000536218 3179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 FAAP100-202ENST00000425898 2996 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 ATE1-201ENST00000224652 4930 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 USP33-202ENST00000370792 2917 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 BICDL2-204ENST00000573514 3519 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 CHMP7-202ENST00000397677 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 ARID4B-201ENST00000264183 4995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
IFT88Q13099 NOP9-201ENST00000267425 6033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms