Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZNF74-209ENST00000611540 3714 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AL138767.1-201ENST00000354527 744 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC128709.2-201ENST00000438408 558 ntTSL 4 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CNGA4-202ENST00000533426 936 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC015967.2-201ENST00000624092 234 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC006435.4-201ENST00000625037 234 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AL356737.1-201ENST00000634391 234 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ABBA01031663.1-201ENST00000635630 790 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZNF497-201ENST00000311044 3468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MTRF1L-201ENST00000367230 3431 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RPP14-202ENST00000445193 7985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SLCO6A1-205ENST00000506729 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CSHL1-203ENST00000346606 659 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CRYAA-203ENST00000398133 600 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 FP236240.1-202ENST00000624019 601 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SRSF2-203ENST00000392485 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MEIKIN-203ENST00000442687 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC023908.3-201ENST00000564211 3047 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ATP6V0A4-201ENST00000310018 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 KRBOX4-202ENST00000344302 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 BLMH-201ENST00000261714 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 NKX3-1-202ENST00000523261 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CRISPLD2-210ENST00000569090 808 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.31
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