Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 LINGO1-204ENST00000561030 2677 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 MYH11-211ENST00000576790 6272 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 GRIN2A-201ENST00000330684 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SUCO-204ENST00000608151 5790 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL662890.1-201ENST00000396818 632 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC016723.1-201ENST00000430546 633 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC099552.1-201ENST00000431083 744 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SEPT7P2-209ENST00000450436 601 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC078785.1-201ENST00000496389 734 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ACTG1P17-201ENST00000558391 1119 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ZSCAN32-210ENST00000573830 668 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 KC6-205ENST00000599934 556 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL139423.1-201ENST00000606802 7923 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ATP6AP2-211ENST00000636196 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 FBXO8-202ENST00000503293 1546 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 KMT2E-201ENST00000257745 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ITPRIPL2-201ENST00000381440 7247 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TGOLN2-203ENST00000398263 6138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 FXYD3-202ENST00000346446 1320 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 COBL-203ENST00000395542 5339 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 CTNNBIP1-202ENST00000377258 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 ACTBP8-201ENST00000403258 1108 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL157392.1-201ENST00000412388 373 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AL451065.1-201ENST00000428958 238 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 AC005077.2-201ENST00000449786 690 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 GTF2H2-204ENST00000517900 659 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
USP39Q53GS9 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.1 ms