Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 AC006486.2-201ENST00000624246 2199 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 C8orf74-201ENST00000304519 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 C3orf22-201ENST00000318225 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 VAMP4-202ENST00000367740 1193 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 TPD52L2-207ENST00000369927 1094 ntTSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 AC011495.3-201ENST00000596472 427 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 AL022328.3-201ENST00000607943 679 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 CYP1A1-203ENST00000395049 1594 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 C11orf16-201ENST00000326053 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SRP14-201ENST00000267884 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 GTSF1-201ENST00000305879 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 CALCA-201ENST00000331587 843 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 RHOC-206ENST00000369637 888 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SETD4-205ENST00000399208 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 AL021546.1-201ENST00000551806 552 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 AC129510.1-201ENST00000579979 555 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 SCP2-217ENST00000640998 1101 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 CERS3-202ENST00000394113 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SOX4Q06945 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.1 ms