Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ODF4-201ENST00000328248 1156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 FCRLB-201ENST00000336830 1193 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 COX8C-201ENST00000342144 533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 FCRLB-202ENST00000367944 1172 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 FCRLB-203ENST00000367945 1131 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC078875.1-201ENST00000431907 724 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 FBXO24-204ENST00000465843 957 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 RBM4B-202ENST00000524637 867 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AL031282.1-201ENST00000577672 409 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC137723.1-201ENST00000584705 709 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC009884.2-201ENST00000603110 324 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MIR6720-201ENST00000611664 98 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AL805961.1-201ENST00000642026 753 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CCDC51-202ENST00000412398 1385 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC136759.1-202ENST00000530858 2194 ntBASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 FXYD5-201ENST00000342879 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AL022326.1-201ENST00000434516 1778 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TBC1D3J-201ENST00000620719 1426 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 IL9-201ENST00000274520 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PDZK1IP1-201ENST00000294338 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC239868.1-201ENST00000369385 493 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 MYL3-202ENST00000395869 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CALCA-203ENST00000396372 581 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AL109767.1-201ENST00000429450 564 ntTSL 4 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CHID1-202ENST00000429789 1289 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 HOXA10-AS-202ENST00000519935 1161 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 C14orf132-204ENST00000556728 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 HIST2H2BB-202ENST00000609585 563 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ID2-203ENST00000396290 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 EPHX1-202ENST00000366837 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 DIABLO-201ENST00000267169 1316 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 NUP210P1-201ENST00000357061 876 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC069277.1-202ENST00000414438 761 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 IDI2-AS1-201ENST00000420381 672 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 APOL3-207ENST00000424878 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SKA2-202ENST00000437036 625 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PRKRA-211ENST00000487082 1211 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 NEU3-205ENST00000531619 582 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AL132639.2-202ENST00000553520 467 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SRSF3-208ENST00000620941 869 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC024941.2-201ENST00000625763 493 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 FOSB-213ENST00000615753 1468 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 DVL1-202ENST00000378891 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SCGN-203ENST00000612225 1402 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms