Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 BTBD6P1-201ENST00000412176 1267 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SPATA3-204ENST00000433428 856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ZNF767P-206ENST00000513792 565 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AP000439.4-201ENST00000567742 664 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AL022328.3-201ENST00000607943 679 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 HIPK3-201ENST00000303296 7408 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 PCDH10-203ENST00000618019 4574 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ELP1-201ENST00000374647 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 PCDHB14-201ENST00000239449 4828 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 KIF26B-202ENST00000407071 7287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 KLK11-201ENST00000319720 1198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 PRDX5-203ENST00000352435 596 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 Z98752.1-201ENST00000442482 518 ntTSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 KRT8P13-201ENST00000463294 1010 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SELENOW-201ENST00000509570 881 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 DBNDD1-206ENST00000568838 993 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 FP565260.5-201ENST00000623188 479 ntTSL 3 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AL139099.5-201ENST00000635274 300 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC011899.2-202ENST00000438047 4302 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 TNRC18-203ENST00000399537 10572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 TNRC18-205ENST00000430969 10562 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 TEX264-205ENST00000416589 1313 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ATP6AP2-211ENST00000636196 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 C3orf22-201ENST00000318225 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 BTNL8-205ENST00000505126 1294 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AP001790.1-201ENST00000511947 570 ntTSL 4 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 LINC02449-203ENST00000536034 451 ntTSL 3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AL021546.1-201ENST00000551806 552 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC120498.1-201ENST00000563593 476 ntTSL 4 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
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