Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TMEM231-207ENST00000568377 2920 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC092634.8-201ENST00000639687 773 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 FBXO41-201ENST00000295133 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 LLGL1-201ENST00000316843 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 EXTL1-201ENST00000374280 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 GABRG3-208ENST00000615808 10768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TGIF2-201ENST00000373872 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TRPV6-201ENST00000359396 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS2-202ENST00000398585 3240 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 REPS1-221ENST00000626459 3665 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC011474.4-201ENST00000623523 2076 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 KIAA0141-201ENST00000194118 2203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 KDELC2-201ENST00000323468 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 LGALSL-201ENST00000238875 3926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ZBTB20-215ENST00000481632 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 WHRN-202ENST00000362057 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 MSH5-201ENST00000375703 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SLC7A4-202ENST00000403586 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 MSL2-201ENST00000309993 4692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TRPV4-202ENST00000418703 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 NEK10-206ENST00000429845 4250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AL356585.2-201ENST00000625078 2396 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 OR2V1-202ENST00000641318 2665 ntAPPRIS P1 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 STK32B-201ENST00000282908 3582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TLE1-203ENST00000376499 3893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ZC3HAV1-203ENST00000464606 4776 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TDRD12-202ENST00000444215 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PABPC1-201ENST00000318607 3485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ADAM12-201ENST00000368676 3313 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 DNAJC27-207ENST00000534855 4831 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 GPN2-202ENST00000374135 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PLEKHD1-201ENST00000322564 4865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PTPA-205ENST00000357197 2653 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 WWC2-201ENST00000403733 8826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AP001267.2-201ENST00000532619 2086 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ZNF133-203ENST00000377671 2701 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CBFA2T3-202ENST00000327483 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CSAD-203ENST00000379846 1962 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CBFA2T3-201ENST00000268679 4477 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 COL8A2-201ENST00000303143 4447 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PLA2G16-201ENST00000323646 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF10C-201ENST00000356864 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PHF24-201ENST00000242315 5718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.3 ms