Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CDK2-202ENST00000354056 1260 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC128709.2-201ENST00000438408 558 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PRPSAP2-216ENST00000536323 1872 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ANXA8L1-208ENST00000622769 1861 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SEPT8-212ENST00000458488 1726 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 HTR4-209ENST00000521530 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 DMAC2-202ENST00000301183 1134 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC017104.1-201ENST00000415129 720 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AHRR-211ENST00000515206 462 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC090502.1-204ENST00000551210 469 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC138466.3-201ENST00000619983 221 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC044839.1-204ENST00000634777 1058 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 C11orf16-202ENST00000525780 1685 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.3 ms