Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF11A-202ENST00000586569 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM181-201ENST00000367090 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 INSIG1-201ENST00000340368 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 LARGE1-201ENST00000354992 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ATP11B-201ENST00000323116 7325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 NEURL1-201ENST00000369780 4314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC18■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 GPRASP1-205ENST00000537097 5980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 EPS8L2-223ENST00000533256 3266 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 PODN-201ENST00000312553 3010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 APBA1-201ENST00000265381 6534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SYMPK-213ENST00000599460 5449 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TCAF1-205ENST00000479870 5733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MEGF11-203ENST00000409699 6163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 FAM110C-201ENST00000327669 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AL928654.2-201ENST00000551271 2279 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA1211-201ENST00000264229 4109 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 FAM149B1-201ENST00000242505 5408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.4 ms