Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SPATA24-205ENST00000509959 641 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SCARNA20.5-201ENST00000516991 142 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 EEF1DP1-201ENST00000585891 896 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC020914.3-201ENST00000594712 304 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MRFAP1-202ENST00000382581 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC015818.8-201ENST00000587907 1519 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 FAH-201ENST00000261755 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ANXA8L1-208ENST00000622769 1861 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 IP6K2-202ENST00000340879 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TMEM52-203ENST00000378602 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SMIM11A-203ENST00000399299 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MB-205ENST00000406324 582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AL160290.2-201ENST00000448347 831 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AP001790.1-201ENST00000511947 570 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC006487.1-201ENST00000514506 1221 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NEU3-202ENST00000526068 431 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ACR-203ENST00000529621 708 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC012322.1-201ENST00000561657 861 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AP006547.1-201ENST00000563435 692 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 COG4-212ENST00000564653 590 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 IFITM3-204ENST00000602735 713 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC005695.3-201ENST00000614522 232 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ARRB2-204ENST00000412477 1779 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 UBR5-201ENST00000220959 9418 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 HARS-202ENST00000415192 1401 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 THEG-202ENST00000346878 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC091804.1-201ENST00000486888 567 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 IFITM3-202ENST00000526811 543 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LINC02449-203ENST00000536034 451 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 SSTR5-AS1-201ENST00000565992 575 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CYBA-208ENST00000567174 1085 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.3 ms