Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC16.64■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 DEF8-219ENST00000567874 1554 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AL512430.1-201ENST00000392575 860 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 NSUN5P1-203ENST00000422386 972 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 IGF1-205ENST00000424202 612 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 NUBP1-202ENST00000433392 1185 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 LINC00466-203ENST00000436475 1059 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 TCERG1L-AS1-201ENST00000436942 472 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 CSHL1-205ENST00000438387 566 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 TREX1-202ENST00000444177 1200 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC068397.2-201ENST00000558742 341 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC005726.2-204ENST00000577790 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 IRF3-225ENST00000600022 882 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 LINC00969-257ENST00000625632 898 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 POLL-204ENST00000370168 1536 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SLC35G2-201ENST00000393079 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 LINC00322-201ENST00000450205 699 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC091179.2-201ENST00000495536 532 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC008723.1-201ENST00000506922 207 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 PLEKHA8P1-203ENST00000545609 277 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 NRN1L-202ENST00000576147 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC145343.1-201ENST00000579629 650 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC009264.1-206ENST00000592183 534 ntTSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 UBA52-208ENST00000596304 554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ZNF586-204ENST00000598183 603 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AL132780.4-201ENST00000624870 1135 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 EVA1A-202ENST00000393913 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 RABL6-211ENST00000629216 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ZCCHC17-204ENST00000546109 1705 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL6A1P12109 CHCHD7-202ENST00000355315 1535 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.8 ms