Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SLC51A-201ENST00000296327 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PRG2-201ENST00000311862 1424 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 BRMS1-202ENST00000425825 1363 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SLC35G5-201ENST00000382435 1321 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AL359258.3-201ENST00000622910 2331 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TMEM219-202ENST00000414689 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC243961.1-201ENST00000432559 384 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC245056.1-201ENST00000437631 384 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 RN7SL181P-201ENST00000462921 277 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 IGLV3-15-201ENST00000518356 244 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TMEM219-204ENST00000566848 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SAXO2-207ENST00000566861 404 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC011825.3-201ENST00000583184 565 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0E2-207ENST00000479613 1666 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 FAM45A-201ENST00000361432 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NELFE-201ENST00000375425 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TMEM106A-202ENST00000541594 1330 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AL008718.2-201ENST00000609206 1313 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CAPZB-201ENST00000264202 858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ANK1-203ENST00000314214 1185 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 S100A2-203ENST00000368709 457 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ETV2-201ENST00000379023 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC245369.1-201ENST00000390634 434 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC026316.1-201ENST00000398900 414 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC012441.2-201ENST00000444843 739 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC073150.1-201ENST00000450406 1084 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AL139010.1-202ENST00000452528 1041 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 UBXN1-214ENST00000533000 367 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 EIF3K-202ENST00000538434 966 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NPM1P43-201ENST00000558669 786 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PAM16-211ENST00000575848 518 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PAM16-214ENST00000576217 493 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AL645941.3-201ENST00000580587 577 ntTSL 4 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MIR4754-201ENST00000582477 89 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 Metazoa_SRP.65-201ENST00000615602 264 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AC103691.2-201ENST00000618824 433 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NR2F2-AS1-215ENST00000620029 1223 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 FAM90A7P-201ENST00000382628 1395 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 FAM90A23P-201ENST00000400136 1395 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 HIGD1A-202ENST00000418900 1322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 HENMT1-202ENST00000370032 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC87Q9NVE4 KDSR-201ENST00000326575 1024 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TSPO2-201ENST00000373158 718 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CITED1-202ENST00000373619 886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TMEM14B-202ENST00000379542 975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC093627.5-203ENST00000497320 746 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CSTF3-206ENST00000524827 693 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PIGH-209ENST00000559581 1049 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC009065.3-201ENST00000562027 627 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC005901.1-201ENST00000592766 552 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 NCR1-206ENST00000598576 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AL031665.1-201ENST00000619766 572 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.9 ms