Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RIC1-203ENST00000414202 6774 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CFLAR-206ENST00000395148 4415 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 KCNQ4-201ENST00000347132 4099 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RNF150-201ENST00000306799 4535 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CEMIP-202ENST00000356249 7297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NCOR2-204ENST00000405201 8533 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ATP2B3-202ENST00000349466 4280 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AXL-201ENST00000301178 4737 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 FUT8-203ENST00000360689 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GMPPB-203ENST00000480687 6108 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 FLII-201ENST00000327031 4338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 FBLN2-203ENST00000404922 4318 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GRB2-203ENST00000392562 3729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ZNF74-209ENST00000611540 3714 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NEK9-201ENST00000238616 8310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 TMCC2-202ENST00000330675 2780 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 G3BP2-202ENST00000359707 4883 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 BVES-201ENST00000314641 5567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC22A15-202ENST00000369503 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CLCN7-201ENST00000262318 3717 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 CLCN6-201ENST00000312413 5631 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AL137784.3-201ENST00000623858 2288 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PNPLA5-201ENST00000216177 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GPRC5A-201ENST00000014914 7362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC54Q8NEL0 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 179.4 ms