Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC31.02■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC31.02■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC31.02■■■□□ 2.56
CCDC9Q9Y3X0 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC30.95■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC30.95■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.55
CCDC9Q9Y3X0 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC30.93■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC30.93■■■□□ 2.54
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC30.93■■■□□ 2.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms