Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC87Q9NVE4 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC87Q9NVE4 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC87Q9NVE4 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms