Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
BRCA1P38398 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.2
BRCA1P38398 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC28.73■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
BRCA1P38398 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC28.67■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
BRCA1P38398 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
BRCA1P38398 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.6 ms