Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SCN4AP35499 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms