Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC31.04■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC31.04■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.04■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC31.04■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC31.04■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC31.02■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC31.02■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC31■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC30.99■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC30.99■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.98■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC30.97■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC30.96■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC30.96■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC30.96■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC30.95■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC30.95■■■□□ 2.55
HOXC9P31274 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC30.94■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC30.94■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC30.93■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC30.93■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC30.93■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.93■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC30.93■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.92■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.92■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.92■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC30.92■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC30.92■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC30.92■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC30.92■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC30.91■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC30.91■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC30.91■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.9■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC30.9■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.9■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.54
HOXC9P31274 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC30.89■■■□□ 2.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms