Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXA9P31269 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXA9P31269 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXA9P31269 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms