Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SNHG28P0DPA3 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SNHG28P0DPA3 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.88
SNHG28P0DPA3 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SNHG28P0DPA3 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms